Ajatolah hadži Sejed Modžtaba Hamenei, drugi sin vođe i velikog ajatolaha šehida Sejeda Alija Hameneija, rođen je 1969. godine u Mašhadu.

Osnovne vjerske studije završio je u medresi ajatolaha Modžtahedija Teheranija. Tokom iransko-iračkog rata bio je prisutan među borcima na frontovima. Nakon završetka rata, 1989. godine otišao je u Kom radi nastavka vjerskih studija i tamo boravio do početka 1992. godine.

1992. godine vratio se u Teheran gdje je pet godina nastavio svoje vjersko obrazovanje. 1997. godine oženio se Zahrom Hadad Adel, a iste godine ponovo je otišao u Kom kako bi nastavio studije i duhovno usavršavanje.
Napredne vjerske studije pohađao je kod istaknutih učenjaka, ajatolaha  Ahmadija Mijanedžija, Reze Ostadija i Ovsatija. Predavanja iz fikha (islamskog prava) i usula (principa prava) slušao je kod svog oca ajatolaha Alija Hameneija, kao i kod poznatih učenjaka poput ajatolaha Šejha Dževada Tabrizija, Šejha Husejna Vahida Horasanija, Sejeda Muse Šubairija Zandžanija, Aga Modžtabe Teheranija i Šejha Muhammeda Momena Komija.
Više od 17 godina aktivno predaje napredne vjerske studije. Njegovi naučni zapisi i rasprave na arapskom jeziku, kao i kritički pristup naučnim pitanjima, privukli su posebnu pažnju nekih velikih učenjaka. Njegov talent, trud, upornost i naučna nezavisnost doveli su do brojnih inovacija u vjerskim naukama, posebno u fikhu, usulu i nauci o prenositeljima hadisa (ridžal).
Odlikuje se sistematičnim i koherentnim intelektualnim pristupom islamskim naukama, kao i dosljednošću u primjeni svojih principa u naučnim radovima i raspravama o različitim pitanjima.